Lecture critique d'article V2

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Bonjour à tous, vous, ça va la vie ? Parce que moi, je suis une patate.
Je vous repropose le même exercice que précédemment (cf : https://lelombrik.net/121531#c1433032). Je suis encore davantage persuadé que tout le monde est capable de se faire une idée sur un papier scientifique, alors voici le lien vers l'étude qui va d'ici peu défrayer la chronique.
Quelques pistes à nouveau pour analyser le machin et vous aider., et toujours un seul acronyme : PECO.
* Population : population pour laquelle on souhaite pouvoir généraliser les résultats de l’étude
* Evaluation : Elément soumis à évaluation (ici le traitement)
* Population de référence : Dans les études comparatives (ce qui est le cas ici), population servant de référence pour mesurer une association (ici entre le traitement et l'effet cherché)
* Outcome : Critère de jugement principal, à savoir ce qu'on cherche à déterminer (ça peut être la guérison, la diminution de la mortalité toute causes confondues, la disparition des symptomes, etc ...)
Même règle : prenez un ou deux points et essayez de voir si VOUS, vous auriez fait pareil, s'il y avait mieux à faire ou pas. Vous pouvez aussi prendre d'autres points (quelques mots clés pour Google si vous voulez creuser : validité interne, validité externe, biais méthodologiques, étude observationnelle/interventionnelle, étude en intention de traiter, fluctuation d'échantillon, variable censurées, etc ... Cherchez vraiment sur Google, le sens peut être contre-intuitif).
Aucune étude n'est parfaite méthodologiquement, c'est normal d'avoir des erreurs méthodologiques. Mais du coup le niveau de confiance donné à chaque étude n'est pas le même. Du coup à la fin je vous invite à laisser une note à l'étude, sur 100. Une sorte de pourcentage de confiance que vous mettez dans l'étude, et comparez le à la précédente étude qui traite du même sujet.
Prenez soin de vous ! le poutou, de loin, avec un masque.
GY

Envoyé par GentilYeti le 25 mai 2020 à 21h29

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Tzeenchy Vermisseau

pourquoi aurais-je besoin de sens critique alors que youtube est rempli de vidéos pleines de montages photos fort bien construits pour m'expliquer comment tourne le monde ?
#MerciAlipipo
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GentilYeti En réponse à Tzeenchy Vermisseau

Bah justement montre nous ! Je comprends le ras le bol mais c'était justement ce que je voulais éviter. Il y a une vidéo de Mr. Sam? que a été faite sur ce papier qui est davantage à charge mais j'aime pas l'approche.
Si on a tous un cerveau qui fonctionne globalement de la même manière (ce que je pense) et si les gens sont vraiment persuadé de leur truc, avec la même méthode on devrait arriver au même résultat.
C'est plus un post pour essayer de sonder avec quelle méthode les gens pensent, et confronter ça avec la méthode scientifique (qui n'est pas parfaite pour toute situation), et dédramatiser / dédiaboliser le truc. C'est aussi pour ça que je demande "comment vous auriez fait" parce que c'est sans doute comme ça qu'on déconstruit je trouve le mieux les complots : un exemple très différent mais assez parlant, on sait tous que l'industrie agroalimentaire est niquée de lobby, mais si on est à la place d'un décideur politique comment on valide ou non l'utilisation d'un OGM ou d'un pesticide.
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GentilYeti En réponse à Funstrip Vermisseau

Hehe, vois avec quelle aisance je vole ce meme de réaction.
J'ai bien compris qu'il était pas complot, c'est juste que je trouve dommage de résumer la croyance dans les théories de Raoult à ça... J'interprète ça peut être à tort comme de la condescendance ou du mépris. Je voulais limiter ça dans les commentaires.
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Kamicadi Jeune asticot

Salut GentilYeti,

ça tombe bien, on a pas eu journal club ce matin.Je résume rapidement l'article.
Il s'agit de l'étude bénéfice-risque rétrospective du traitement du covid par la chloroquine, l'hydroxychloriquine avec ou sans ajout de macrolide. L'étude se base sur l'analyse multicentrique et intercontinentale de 96032 patients ayant été diagnostiqués atteints par le covid.
Ont été inclus tous patients ayant été traité dans les 48h suivants le diagnostic avec la chloroquine, l'hydroxychloriquine avec ou sans ajout de macrolide. Tous les patients n'ayant pas étré traités font partie du groupe contrôle. Ont été exclus, et c'est important, tout patient ayant été traité par la chloroquine, l'hydroxychloriquine avec ou sans ajout de macrolide. plus de 48h après le diagnostique.Les groupes ont été divisés comme suit: - Chloroquine seule (1868)
- Hydroxycloroquine seule (3016)
- Chloroquine + macrolyde (3783)
- Hydroxycloroquine+ macrolyde (6221)
- Aucun de ces traitements (groupe contrôle: 81444)
Il y a d'abord une description de l'échantillon global suivant leur sexe, origine géographique, origine éthnique, âge, facteurs de risque (obésité, diabète, antécédent cardiovasculaires, tabagisme)
On se rend comte qu'il y a majoritairement des nord américains (65,9%), des hommes (56%), une population essentiellement blanche (caucasienne), l'âge moyen est de 53.6 ans et l'échantillon présente majoritairent une obésité sévère voire morbide que ce soit pour les hommes et les femmes.La distribution des groupes est homogène concernant les éléments précités ce qui permet donc de s'affranchir du biais de différence d'échantillon suivant les groupes.
L'analyse des tableaux du risque létal ou de déclencher un arythmie cardiaque (infarctus) montre que le traitement du covid à la chloroquine, l'hydroxychloriquine avec ou sans ajout de macrolide a entraîné un augmentation statistiquement significative de ces risques.
Sur l'analyse de ces résultats les auteurs concluent que la prises de ces médicaments ne présentait pas de bénéfice et montrait en revanche plus de risque de déclenchement d'infarctus voir de mort du patient.Les points positifs: l'étude est multicentrique, intercontinentale ce qui permet d'avoir une idée globale de l'effet de ces traitements. Le travail est fait sobrement, rigoureusement et leurs conclusions claires
Les points qui resteront à l'interprêtation du lecteur:
L'article ne dit pas que la chloroquine et associée n'est pas efficace. Ils décrivrent leurs effets secondaires qui sont déjà connus. Finalement on ne sait pas si ceux qui ont pris ces traitements on guérit plus vite voire mieux que ceux qui n'ont rien pris. On sait juste qu'ils ont plus risqué leur vie. C'est là où le père Raoult va appuyer et il aura malheureusement raison. Car selon lui, jusqu'a preuve du contraire, on guérit du covid avec la choloriquine.
La majorité de la population est américaine et présente des biais que n'ont pas les autres population (obésité et maladies cardiovasculaires pour ne citer qu'elles). Or aujourd'hui on a surtout des patients européens, sud-américains et asiatiques (non je déconne, Winnie l'ourson dit que la vérité).
Mon avis de pas expert du tout.
L'article est très bon, bien fait et il amène plus de visibilité quand aux précautions qu'il faudrait prendre quant à l'utilisation de ces traitement. Malheureusement il n'amène pas de réponse définitive et ne va pas reconcillier les anti- des pro-chloroquine... Par contre il va permettre aux journalistes, qui n'ont rien compris à l'article, de cracher sur le père Raoult alors qu'ils lui ont servi la soupe pendant des semaines (bandes de périprostétip....)

Prenez soins de vous!
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GentilYeti En réponse à Kamicadi Vermisseau

Salut ! Et merci beaucoup pour tout ce travail.
J'ai juste une petite question quant au critère de jugement principal, effectivement on regarde la mortalité toutes causes (et le risque de complication cardio en critère secondaire, même s'ils le présentent en primary outcome) et pas le taux de guérison. Mais est-ce que le taux de guérison est plus ou moins intéressant que la mortalité toute cause lorsqu'on cherche à évaluer l'efficacité d'une thérapeutique ?
- notamment quand on veut mesurer la balance bénéfice risque d'un traitement pour le patient
- quand on veut mettre en place une politique de santé publique
Je vois l'angle de défense mais je ne vois pas en quoi un critère de jugement principale qui suivrait une cure serait plus intéressant que la mortalité toute cause (sans d'autre hypothèses non encore testées) mais je ne connais sans doute pas la biblio assez bien pour en juger.
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Kamicadi En réponse à GentilYeti Jeune asticot

L'analyse bénéfice-risque ou le coût-bénéfice sont des critères hautement important lorsque l'on veut développer un médicament ou le mettre sur le marché.
A chaque fois il est fondamental d'étudier si le bénéfice pour le patient vaut le risque qu'il prend ou qu'on lui fait subir en lui donnant un traitement (analyse bénéfice risque) et si le bénéfice d'utilisation d'un médicament ne va pas entraîner de coût trop important pour la société (analyse coût-bénéfice). Si le médicament passe ces deux analyses alors il pourra être mis sur le marché.
Ici on a ni l'un ni l'autre, l'étude cherche à déterminer si la prise de chloroquine et dérivés s'est conjuguée à une augmentation du risque de mourir ou de faire un infarctus. Ce dont à quoi il répondent par l'affirmative. Je pense d'ailleurs que le test statistique qu'ils ont utilisés lors de l'étude n'est pas le plus adéquat; Ils ont utilisé un test t de Student qui s'applique aux échantillons non paramétriques (dont la distribution n'a pas la forme d'une courbe de Gauss, n'est pas normale). Or vu la taille de l'échantillon ils auraient pû, dû, faire un test de normalité qui aurait été positif et donc choisir un test paramétique (ANOVA notamment). L'avantage du test t c'est qu'il ne se mouillent pas et assurent leurs arrières ce qui est appréciable vu le contexte mais n'est pas le plus idoine.
Les pro-Raoult diront que l'étude ne leur apprend rien et ils auront raison.
L'étude qui mettra tout le monde d'accord sera: On a traité X patients atteint de covid par la chloroquine et X patients par un traitement classique. Au final on a trouvé que les patients traités par la chloroquine guérissaient mieux/ou pas, plus vite/moins vite/ comme, présentaient/ ne présentaient pas de séquelles vis à vis du groupe contrôle. A partir de ce moment là on pourra dire si oui ou non il faudra la préscrire.
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GentilYeti En réponse à Kamicadi Vermisseau

Pour ce qui est de la légitimité du test statistique, Student est paramétrique dans mon souvenir mais peut être qu'ils utilisent une variante non paramétrique. Après je ne suis pas statisticien mais ça ne m'a pas choqué.
Pour ce qui est de la partie balance bénéfice, je continue à ne pas comprendre, et je propose de bien distinguer le comparateur du critère de jugement principal pour ne pas se perdre :
- critère de jugement : on suit la mortalité toute cause, je ne vois pas de meilleur critère pour évaluer le bénéfice risque individuel. Et je ne vois pas comment on pourrait attaquer ce choix, surtout en défendant un critère commen le taux de guérison. Déjà c'est difficile à quantifier la guérison, et en plus ça ne prend pas en compte le risque associé à la prise de la molécule, ce que la mortalité toutes causes fait.
- comparateur : c'est vrai que là on regarde si traîter c'est mieux ou pire que rien. On peut effectivement regretter l'absence de traitement dans le bras témoin (a minima un placebo). Mais à ça on peut répondre que ce témoin reste plus solide que celui de l'étude de Raoult (si on veut comparer les deux études) on que c'est surtout un effet placebo (plus que nocebo) dont on a peur : quelle que soit la prise en charge on s'attend à une baisse de la mortalité. Si les laisser tranquilles marche mieux qu'une prise en charge, le placebo ne ferait que creuser l'écart.
Peut être que c'est moi mais j'ai du mal à voir où l'étude pêche. Mais encore peut être que c'est moi et que je suis passé à côté du point important.
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Kamicadi En réponse à GentilYeti Jeune asticot

Tu as raison, le test de Student est paramétrique. J'ai vérifié après t'avoir répondu mais je ne pouvais plus éditer mon message, damned. Par contre le test de Student ne permet pas de comparer plusieurs groupes entre eux. Ici chaque groupe a été comparé individuellement au groupe contrôle. Il n'y a pas de faute à proprement parlé mais je me pose la question de savoir si le test est le plus adapté. Après il ne faut pas oublier qu'un test statistique ne te permets que de savoir si la différence que tu observes est dûe au hasard ou non. Or lorsque l'on observe des différences très marquées avec des intervalles de confiance réduits, comme c'est le cas ici, le test statistique n'est pas "utile" (je n'ai pas plus nuancé). Le test va te permettre de rassurer le lecteur en lui démontrant que ce que tu observes n'est pas dû au hasard.

Tu as tout à fait raison sur ton critère de jugement. Lorsque l'on développe un médicament, le risque de mortalité est fondamental. Si dans ton essai clinique tu as un décès, il y a une enquête pour savoir s'il peut être imputé à la prise du produit et,généralement, l'essai et le développement du médicament s'arrête. Le critère de guérision peut-être quantifié par l'observation de l'aggravation des symptômes notamment. Par exemples on peut savoir si ceux ayant pris de la chloroquine dans les 48h ont plus/moins fini en réanimation que le groupe contrôle. S'ils sont sortis plus/moins vite de l'hôpital. Etc...
Pour ton comparateur il ne faut pas perdre de vue qu'il s'agit ici d'une étude rétrospective et non d'un essai clinique. La comparaison qui est faîte est juste car on va comparer, chez les gens entrés à l'hôpital et donc en soins, les risques qu'ont entraîné la prise ou non de chloroquine et consort. Le placebo que tu aurais pu avoir, et il est inquantifiable, c'est celui des gens qui ne sont pas allé à l'hôpital et qui n'ont rien pris même pas du paracétamol.

Je tiens à te rassurer aucune étude n'est parfaite, il reste et restera toujours des zones d'ombres, des questionnements que les auteurs auraient pu/dû se poser, des résultats à présenter/interprêter différemment. Le jour où l'on en arrivera là, ça ne s'appellera plus de la science, ce sera autre chose.
Pour en revenir à cette étude, comme je l'ai dit, elle est robuste car les auteurs ont essayé d'analyser factuellement si la prise de ces médicaments comportait plus de risque que ne pas en prendre. Ils ont essayé de limiter les biais expérimentaux, sont restés impartiaux et prudents dans la description de leurs resultats et conclusions.
Les résultats te montrent que oui, la prise de chloroquine ou dérivés entraînent plus de risque pour le patient que de ne pas en prendre. La conclusion est donc, comme l'a dit _pepe_, calmez vous avant de prescrire de la chloroquine ou de courir en acheter tant que l'on ne sait pas si ça fonctionne vraiment.
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_pepe_ En réponse à Kamicadi

« On sait juste qu'ils ont plus risqué leur vie. C'est là où le père Raoult va appuyer et il aura malheureusement raison. Car selon lui, jusqu'a preuve du contraire, on guérit du covid avec la choloriquine. »

Pour qu'il ait raison, encore faudrait-il qu'on considère qu'il n'est pas grave de tuer des gens, du moment qu'ils meurent guéris. Et c'est là tout le problème. Ce qu'on recherche en principe, ce n'est pas une solution radicale contre la maladie, mais un traitement efficace et bénéfique pour les malades, c'est-à-dire présentant un bon rapport bénéfice/risque (ce que cette étude se propose justement de mettre en lumière).

Le fait est qu'hormis les personnes qui ont pris de la chloroquine ou de l'hydroxychloroquine au-delà et 48 heures et qu'on doit donc exclure du point de vue des critères du Pr Raoult, l'étude n'a pas expressément ignoré une population hospitalisée guérie après avoir pris ces molécules. On ne peut donc pas lui reprocher d'avoir faussé l'évaluation des bénéfices ou des risques (par exemple en ayant intentionnellement sélectionné des patients obèses alors que leur sur-représentation est juste naturelle dans la population étudiée).

En revanche, on peut objecter que ces résultats pourraient ne pas s'appliquer aux autres types de populations que celles qui ont servi au test, mais il est pertinent de penser qu'en raison des risques, les populations étudiées n'auraient globalement pas intérêt à être traitées *a priori* par ces molécules, ce qui remet bien en cause les préconisations *sans concession* du Pr Raoult. À défaut d'établir définitivement un état de fait, cette étude apporte un contre-exemple à ce qui était allégué.

En d'autres termes, et contrairement à l'avis donné par le professeur, cela confirme que dans une grande part des régions étudiées, les hôpitaux ne devrait pas administrer le traitement aux premiers venus sans précautions, et qu'il convient d'établir au plus vite les conditions acceptables de sa prescription à l'aide d'études sérieuses et conclusives, comme cela se fait normalement dans le développement de tout nouveau traitement (les Chinois ont d'ailleurs œuvré dans cette voie, ce qui a abouti à interdire le traitement aux plus de 65 ans et aux moins de 18 ans).
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Kamicadi En réponse à _pepe_ Jeune asticot

"En d'autres termes, et contrairement à l'avis donné par le professeur, cela confirme que dans une grande part des régions étudiées, les hôpitaux ne devrait pas administrer le traitement aux premiers venus sans précautions, et qu'il convient d'établir au plus vite les conditions acceptables de sa prescription à l'aide d'études sérieuses et conclusives, comme cela se fait normalement dans le développement de tout nouveau traitement (les Chinois ont d'ailleurs œuvré dans cette voie, ce qui a abouti à interdire le traitement aux plus de 65 ans et aux moins de 18 ans)."

Je suis tout à fait d'accord avec toi et c'est, je pense, le message de ce papier. Ses conclusions vont en ce sens pour tenter de freiner l'ardeur de certains comme Trump ou Bolsonaro. Maintenant est-ce que le message sera entendu, rien n'est moins sûr.
Ce qui est assez symptomatique de notre espèce c'est que l'on se voit confrontés à des gourous qui vont être suivis ou forcés de l'être par des milliers de personnes au péril de leur vie. Que l'on soit bien clair, quasiment aucun médicament développé pour traiter une maladie X ne fonctionnera pour une maladie Y. Il n'y a qu'a demander à ceux à qui l'on a prescrit du médiator comme coupe-faim pour savoir ce qu'ils en pensent... Le problème de Raoult, et ce n'est pas le seul toubib attention, c'est qu'il a vu l'opportunité de viser le Nobel ni plus ni moins. Si demain l'on prouve que réellement son traitement permet de sauver des vies et que l'on soit débarrassé de ce virus alors c'est Dom Perignon/caviar tous les jours. Or le seul traitement qui nous permettra d'être véritablement immunisé c'est, comme son nom l'indique, un vaccin et rien d'autre. L'avantage pour l'humanité (et le reste des eucaryotes d'ailleurs) c'est que c'est "assez facile" à développer à l'inverse d'un médicament qui prend lui plusieurs années.

Il n'y a pas 6 mois la recherche mondiale manquait de liquidité, on n'existait pas et étions la variable d'ajustement budgétaire de nos gouvernements. Du jour au lendemain on se retrouve sous les feux de la rampe avec du fric à ne plus savoir quoi faire mais UNIQUEMENT destiné à trouver un remède contre ce virus. Alors ce qu'il se passe c'est que quasi tout le monde pond des demandes de financement en lien avec le COVID même si l'on n'y a jamais touché. Par contre, le jour où l'on aura découvert un remède, on risque fortement de retomber dans l'état où nous nous trouvions avant la crise.
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